很多人都为牛顿晚年研究神学而感到遗憾，很多人都认为如果牛顿晚年继续在科学的道路上深入的话，可能牛顿的科学成就不仅仅只限于经典力学领域。可许多人根本就不了解牛顿，其实牛顿本来就是以研究神学为主的，那一天的苹果砸到他头上纯粹就是个意外。
苹果砸头顶的时候，牛顿还在思考这许多关于神学的问题，突然苹果砸了下他头顶就让他猜想地球有地心吸引力的大胆猜想，而后经过大量的实践来证明这个猜想，最终才有了后来著名的万有引力定律和各种牛顿定律。为什么说“牛顿本来就研究神学，苹果砸头顶纯粹意外”？看看牛顿的那些“疯狂”的“事迹”就一目了然了。
1、牛顿威胁说要活活烧死他的母亲
艾萨克牛顿虔诚地信奉宗教，他对圣经的研究热情不亚于他对科学的投入，在他20岁的时候，当他的理智还完好无损的时候，牛顿坐下来写了一份他57件最严重的罪行的清单，作为他乞求上帝宽恕的方式。一些无关紧要的事情，比如在教堂吃苹果，但却隐藏在内心，这预示着他晚年将遭遇不稳定的精神状态，牛顿的脾气变得很怪异和暴躁。
他请求上帝宽恕他打妹妹的行为，后来又全力以赴殴打一个名叫亚瑟·斯托尔的人。然后，他似乎完全不知道他反对谁了。他的罪过变得更加疯狂：“打击许多人”和“希望一些人死亡”。年轻的牛顿承认的众多罪行之一是“威胁我的父亲和母亲史密斯：烧毁他们的房子，活活烧死他们。”
2、牛顿与“哲学家之石”
在他晚年的生活中，艾萨克牛顿开始疯狂地寻找“哲学家之石”。正如一些人对他的时代所相信的那样，这是一种神秘的物质，能将铅等贱金属物质变成黄金，并能赋予饮用它的人永生。对牛顿来说，这不是迷信，这是一门真正的科学。不管出于什么原因，他完全相信“哲学家之石”是真实存在的。他研究了每一篇关于炼金术的论文，并在自己制作的实验室里进行了一次又一次的测试，努力创造一种长生不老药，牛顿似乎相信，水银是获得长生的关键物质。
在他的笔记中，他有一个由其他炼金术士写的配方，叫做“索菲克水星”，他似乎创造了一些专门给自己食用的配方。几年来，他一直把自己关在实验室里，吸入水银等有毒气体，甚至还把水银喝了下去。很有可能牛顿自己也试过他的一个食谱，因为他留下了一张纸条，抱怨水银的味道“强烈、灵魂化、忘恩负义”。有人认为这是他发疯的祸根之所在，他体内的水银污染了他的大脑，使他发疯。水银已经扩散到了他身体的各个部位：在20世纪70年代，他的头发样本显示水银含量是正常水平的40倍。
3、牛顿说“年，是世界末日”
艾萨克牛顿在一篇论文中宣称，世界将要在年这一年结束；到了那一年，一位天使将飞过天空，宣讲福音，巴比伦帝国将沦陷，基督将回归，那时将会开启一个新的受神启发的和平时代。牛顿对所有这一切都非常直截了当，他坚持认为在年会看到一个真正的天使飞过天空，他很有信心地认为他的猜测是对的。毕竟，他还做了许多数学的推理，他写了一个非常复杂的证明来证明他的预想。牛顿的这些证明却是大量地依赖于丹尼尔的书和启示录，对大多数人来说，这在很大程度上是不可理解的，因为引用的这些内容几乎都是“神学”。
4、天主教堂与“启示录之兽”
牛顿相信，末日的开始已经到来了。牛顿在一篇关于世界末日的长篇论文中声称，丹尼尔的一些预言已经实现了。根据丹尼尔的书，那只会站起来说亵渎上帝的话，并迫使世界上的国王在它面前鞠躬，然后变成一头野兽。牛顿写了一整篇论文，认为教会“把法律作为神谕给国王和国家；并假装万无一失，他的命令对整个世界都有约束力。”在论文中，他指责天主教会宣扬亵渎神明，支持“对死者的祈祷和对他们的崇敬”，这里的“崇敬”大概是指对圣人的崇敬。牛顿认为，世界已经到了末日，这头野兽已经上台了，世界末日只剩下几个世纪了。
5、“经血”的神奇特性
艾萨克牛顿试图继续进行他对“哲学家之石”的秘密探索。不过，他的一些长生食谱，在他去世的时候，仍然是他研究的一部分。至少可以说，牛顿的这些长生配料很奇怪。在他尝试的许多不同的实验中，有一个非常直观的名字“肮脏妓女的经血”，听起来的确让人觉得难以理解。炼金术是一门神秘的行业，以至于大多数炼金术士都用密码写下了关于“长生的配方”，人们相信“肮脏妓女的经血”是揭开这些神秘面纱的密码。根据比尔纽曼教授的推测，这些“经血”可能是牛顿的金属锑（Sb）的代码。这表明牛顿是多么愿意相信魔术，金属锑（化学符号：Sb），根据他那个时代更迷信的说法，Sb是一种具有神秘的变形能力的神奇物质。
6、牛顿与翡翠石碑之谜
在他的笔记中，当他去世时，发现了一个手写的启示录，艾萨克牛顿自己做的翡翠石碑（一个神秘的文本），这个“翡翠石碑”能给生命的力量的钥匙。根据传说，翡翠石碑是一个神圣的雕刻，被认为是希腊的赫尔墨斯神和埃及的透特神之间的十字架。据说，翡翠石碑是一种无形的物质，在时间的开始就构成了所有的东西，并且仍然渗透到所有的东西中。牛顿似乎相信，翡翠石板中隐藏着一个密码信息，可以让他控制原材料，将任何元素转换成任何其他元素，他还写了一系列笔记试图解开其中的秘密。
7、所罗门神庙：上帝缩小版的宇宙
牛顿最喜欢的另一个项目是对所罗门神庙进行极其漫长和极其详细的分析，这是一项极其彻底的工作，牛顿试图测量圣经中所罗门王庙中每个房间的确切尺寸和用途，这不仅仅是因为他对建筑的迷恋，才让他承担了如此庞大的工程。牛顿确信所罗门神庙是上帝设计宇宙的钥匙，他相信圣经中充满了只有智者才能破解的密码线索，如果他能搞清楚所罗门神庙的样子，他就能搞清楚整个宇宙的本质，这对牛顿来说不是随便的消遣。他自学希伯来语和拉丁语，这样他就可以翻阅圣经和古代犹太文本的原始译文，以确保他没有弄错任何一个细节。对牛顿来说，计算重力是一件很好的事情，但它似乎是理解宇宙的真正钥匙，在破解圣经中隐藏的密码信息。
8、七彩彩虹
艾萨克牛顿提出了我们在学校学到的七种彩虹颜色：红色、橙色、黄色、绿色、蓝色、靛蓝和紫色。如今，人们普遍认为靛蓝是一种毫无意义的颜色，因为它实际上只是另一种紫色。不过，牛顿把它插进去纯粹是为了给彩虹赋予七种颜色而已。因为在牛顿的心目中，数字“7”是神圣的。牛顿遵循着一个古老的、神秘的信念，认为数字“7”是“万物之灵”。毕竟，这是一个数字，在圣经中随处可见：上帝在七天内创造了世界，约瑟夫预言了七年的饥荒，耶稣用七个面包喂人民，世界末日将以七个印章和七个号角来宣告，牛顿将靛蓝列入名单，他深信上帝的所有创造物都应该脱离神秘数字“7”。而如今，我们还在学校里学习这种“七彩色”的太阳光。
9、牛顿与亚特兰蒂斯的命运
牛顿不仅仅是写基督教信仰，他还写了一篇关于亚特兰蒂斯失落之城的论文，分析了柏拉图和荷马的工作，试图找出沉没之城的藏身之处。牛顿坚持认为，亚特兰蒂斯是一个相当普通的城邦，随着时间的推移被夸大了。它在一场席卷全世界的大洪水中被毁，但这座城市并没有被淹没，也不是所有人都死了。牛顿写道，亚特兰蒂斯公主幸存了下来。她就是卡利普索，他说：卡利普索是一位来自奥德赛的仙女。
当奥德修斯登陆卡利普索岛时，他正降落在亚特兰蒂斯的遗迹上，与最后几位幸存者会面。根据牛顿的计算，亚特兰蒂斯号在公元前年沉没，尤利西斯号在公元前年登陆，这意味着，当时卡利普索至少已经有年的历史了，现在还不完全清楚牛顿是如何得出这些结论的。不过，在他生命中的这一刻，他显然已经准备好相信整个星球一下子被洪水淹没，如今关于奥德赛的故事也跟牛顿所描述的那样：一字不差地真实存在。
10、牛顿的精神崩溃
牛顿的精神到了晚年几乎濒临崩溃的地步，他不只是时不时地坐在那里写些奇怪的、神秘的论文，他还出去和朋友们聊天，对他们来说简直太可怕了。从年开始的12个月里，牛顿几乎没有睡觉，他睡得最长的一次就仅有一个小时，他几乎不碰食物。他开始产生疯狂的、偏执的想法，认为他的朋友们要抓他，并对他们大发雷霆，有时还很暴力。有一次，当牛顿发现他的朋友、哲学家约翰·洛克病了，他尖叫道：“如果你死了，那就更好了！”
牛顿仍然有清醒的时候，在另一封写给约翰·洛克的信中，他告诉他，他记得给他写过一封信，但记不起他说了些什么，并请求约翰·洛克告诉他知道自己出了什么问题。他对他的朋友塞缪尔·佩皮斯说，他已经失去了“以前的一贯性”，他已经成为朋友们的一个危险了。现在，他在朋友们身边已经不安全了。他写道：“我现在明白了，我必须离开你们这些熟人，如果可以，我就悄悄地离开他们，因为我现在的精神都有问题了，不希望因为自己而伤害到身边的人。”在他写给朋友的最后一封信里写到：“请原谅我说我会再见到你的。”